Rancangan anggaran pendapatan dan belanja di Politeknik St. Wilelmus Flores bersumber dari :
- Mahasiswa, jenis dana : SPP dan sumbangan lain
- Usaha-usaha, jenis dana : unit simpan pinjam, unit pertokoan, unit kantin, unit pertanian, unit bokasi, unit unggas, unit babi, unit sapi
- Yayasan, jenis dana : hibah pendidikan, hibah penelitian, hibah pengabdian masyarakat, hibah sarana dan prasarana
- Pemerintah, jenis dana : beasiswa dikti, bidik misi, beasiswa NTT, hibah pemprof NTT, hibah Pemkab Nagekeo
- Sumber lain, jenis dana : sumbangan alumni